提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
长三角一体化观察:“奉新嵊”何以协同先行?******
中新网宁波1月7日电(记者 项菁)长三角一体化发展背景下,区域间加速“组团”,探索跨区域深度融合。放眼长三角南翼,宁波市奉化区与绍兴市嵊州市、新昌县比邻而生,地处甬(宁波简称)绍交界地带,是推动甬绍一体化发展的桥梁和纽带。
加速长三角一体化,甬绍及奉新嵊何以协同先行?
2023年宁波两会奉化代表团 严世君 摄位于新昌的钦寸水库与奉化溪口的亭下水库相连互通,百年名校镇海中学签约落户嵊州成立分校,甬绍实现异地就医市民卡直接结算……这些年,甬绍双方不断探索“共饮水、共上学、共就医”。
其实,甬绍一直致力推进“奉新嵊特别合作区”建设。如2022年奉新嵊三地在甬绍合作发展座谈会上就签署了特别合作区框架协议。
不过,正在举行的2023年宁波两会上,奉化区政协主席陈红伟提到,作为甬绍一体化发展的重要桥头堡,“奉新嵊特别合作区”与浙江省内其他合作区相比,还存在不少差距。
陈红伟认为,要加快奉新嵊三地实现交通同网、产业同链、文旅同兴。以农业产业为例,其建议开展跨区域农业合作,建设水蜜桃、桃形李、香榧、中草药等特色农业基地,加强农产品品种技术交流、市场合作。
的确,奉新嵊既有各自产业特色,也有相似的产业集群。要推动三地“抱团”发展,加强产业对接融合谓之关键。
宁波市人大代表刘春萍履职 严世君 摄在奉化区委常委,宁波溪口雪窦山名山建设党工委副书记、管委会副主任刘春萍看来,可以谋划甬绍合作奉化产业园和奉新嵊溪口产业园平台,形成义甬舟开放大通道和宁波西枢纽的联动。
从产业互补性看,宁波市人大代表、宁波佳尔灵气动机械有限公司副总经理单军波举例说,新昌有纺织机械、制药机械等自动化的整机装备产业,需要用到各类精密的气动元件等基础零部件,而奉化溪口恰恰是国家级的气动元器件生产示范基地,能为新昌提供整体配套和技术服务;奉化以方桥街道为主要集中区域有较大的厨卫产业,而嵊州是全国最大的集成灶生产基地,也可以实现相互补位。
产业融合,离不开畅通的交通。单军波认为,即将建成的甬金高速铁路,必将成为义乌连接宁波的交通大动脉,并惠及嵊州和新昌,从长远看,建议利用甬金高速铁路开通奉新嵊城际列车,开通栎社新机场到新嵊地区的机场专线,发挥宁波西枢纽的辐射作用。
宁波市人大代表单军波履职 严世君 摄记者还关注到,奉新嵊三地紧邻,同处于天台山脉及其支脉四明山脉的余脊两端,同为“浙东唐诗之路”上的璀璨明珠。
“建议构建奉新嵊一体的文旅品牌和标识体系,以浙东唐诗之路和环四明山为主轴线,有效串联唐诗文化等特色文旅资源。”陈红伟具体讲,可以策划各类文化旅游美食等活动,开展农产品采摘、年货置办、文化走亲等。
刘春萍也谈及,建议成立奉新嵊文化旅游工作专班、开通奉新嵊旅游专线,共推三地旅游精品线路,实施三地通用惠民旅游套票。
“宁波和绍兴是山水相连的兄弟城市。”刘春萍认为,加快奉新嵊特别合作区建设,有利于响应人民往来需求,推进民生领域的区域共建共享。(完)
(文图:赵筱尘 巫邓炎) [责编:天天中] 阅读剩余全文() |